ARMA (2020–2022)
Cílem projektu bylo vytvořit kolekci středověké písemné kultury a agregovat ji v Europeana za využití metodiky zakládající se na standardech EDF ARMA Specification a jejich mapování na TEI P5 ENRICH Specification za účelem integrace služeb v digitálním síťovém prostředí.
CENDARI (2012–2016)
Cílem projektu bylo jednak vytvořit sdílené síťové prostředí pro kooperativní historickou práci na příkladu dvou oblastí (středověká rukopisná studia, dějiny První světové války), jednak ověřit model pro průvodce po pramenném materiálu (fondové, resp. nadfondové, tematické).
EMBARK (2010–2011)
Cílem projektu bylo agregovat ve standardizované podobě digitální rukopisná data z některých středoevropských a balkánských zemí, jakož i ověřit možnost lematizace plnotextových dat a srovnat některé středoevropské a balkánské prameny a kulturní vzorce.
REDISCOVER (2009–2010)
Cílem projektu bylo agregovat ve standardizované podobě digitální rukopisná data z některých středoevropských zemí.
ENRICH (2007–2009)
Cílem projektu bylo vytvořit mezinárodní standard TEI P5 ENRICH Specification pro komplexní digitální dokumenty (popisná a strukturální metadata, jakož i obrazová video, audio a multimediální data) a uvést jej do praxe v Manuscriptoriu.
COMTOOCI (2005–2006)
Cílem projektu bylo ověřit funkčnost nástroje pro transkripci textů umožňující vytváření korelace mezi obrazovými a plnotextovými daty (pozicování).
VICODI (2002–2004)
Cílem projektu bylo vytvořit metodiku pro geografickou reprezentaci historických data za použití historických ontologií.
MASTER (1999–2001)
Cílem projektu bylo vytvořit mezinárodní standard pro katalogizaci středověkých rukopisů, která tým Manuscriptoria samostatně rozvinul ve standard pro vytváření komplexních dokumentů MASTER+, spojující popisná metadata, strukturální metadata a obrazová data a uvedl jej do praxe, což bylo základem pro Manuscriptorium.
