Obrazová data publikovaná v Manuscriptoriu jsou chráněna licenci Creative Commons – konkrétní varianta licence je vždy uvedena v příslušném popisném záznamu.
Popisná data (katalogové záznamy) publikovaná v Manuscriptoriu jsou veřejnou doménou a je možné je volně využívat.
Publikovaný uživatelský obsah (články, virtuální výstavy, videa atd.) podléhá autorským právům. Je zakázáno jeho publikování na jiných místech či předávání třetím osobám. Obsah je možné bez omezení číst a sledovat na stránkách Manuscriptoria, odkazovat na něho z jiných míst a využívat publikované informace za předpokladu řádného ocitování zdroje.